Mật ong có đặc tính dính nên dễ dàng hấp thụ các bào tử vi khuẩn từ bụi bẩn hoặc hoạt động của ong. Một nghiên cứu cho thấy tỷ lệ mẫu nhiễm C. botulinum dao động từ 0,5% đến 68%; nấm men từ 15,78% đến 100% và nấm mốc từ 17,22% đến 100%. Dù mật ong có nhiều lợi ích y học, việc nhiễm khuẩn mang lại những rủi ro nghiêm trọng do độc tố Botulinum gây ra. Đây là loại độc tố thần kinh chết chóc nhất vì là độc tố thần kinh mạnh nhất trong sinh học; về mặt lý thuyết, chỉ cần 4 kg độc tố này có thể tiêu diệt toàn bộ dân số thế giới. 

Cơ chế gây hại: Độc tố ngăn chặn việc giải phóng các chất dẫn truyền thần kinh tại các khớp thần kinh, làm gián đoạn tín hiệu từ não đến cơ bắp, dẫn đến liệt cơ. Nếu ảnh hưởng đến cơ hô hấp, nạn nhân có thể tử vong

Độc tố này được chia thành 7 loại (từ A đến G) dựa trên phản ứng kháng nguyên-kháng thể. Trong đó, các loại A, B và E là nguyên nhân phổ biến nhất gây ngộ độc thực phẩm ở người, đặc biệt đối với trẻ sơ sinh dưới 1 tuổi., gọi là  Ngộ độc thịt ở trẻ sơ sinh (Infant Botulism): Đây là rủi ro lớn nhất đối với trẻ dưới 1 tuổi. Hệ vi khuẩn đường ruột chưa hoàn thiện của chúng tạo ra môi trường thuận lợi cho bào tử C. botulinum nảy mầm, sinh sôi và sản sinh độc tố. Điều này có thể dẫn đến bệnh ngộ độc botulinum ở trẻ sơ sinh, một tình trạng nghiêm trọng và có khả năng đe dọa tính mạng ở trẻ nhỏ.

Biểu hiện lâm sàng có thể khác nhau, từ giảm trương lực cơ nhẹ đến liệt hành tủy nặng, và thậm chí là hội chứng đột tử ở trẻ sơ sinh. Các triệu chứng điển hình bao gồm táo bón, tiếp theo là lờ đờ, uể oải, bú kém, sụp mí mắt, khó nuốt, mất kiểm soát đầu, giảm trương lực cơ, các vấn đề về thị giác, khô miệng và suy nhược toàn thân. Ngộ độc botulinum có thể dẫn đến liệt kéo dài nhiều ngày và nhiều tuần, và trong một số trường hợp dẫn đến suy hô hấp. 

Bào tử của vi khuẩn Clostridium sản sinh BoNT phổ biến trong đất, bụi và trầm tích dưới nước, và trẻ sơ sinh được cho là tiếp xúc nhiều lần. Mặc dù vậy, ngộ độc botulinum ở trẻ sơ sinh là một bệnh hiếm gặp và một số yếu tố khác, chẳng hạn như sự rối loạn hệ vi khuẩn đường ruột của trẻ sơ sinh, được cho là tạo điều kiện cho bất kỳ bào tử nào hiện diện nảy mầm, xâm chiếm và sản sinh độc tố. Trong hầu hết các trường hợp ngộ độc botulinum ở trẻ sơ sinh, nguồn gốc của bào tử không bao giờ được xác định và người ta cho rằng chúng được nuốt từ môi trường. Tuy nhiên, mật ong là nguồn chứa bào tử C. botulinum trong chế độ ăn uống, điều này đã được chứng minh bằng cả bằng chứng vi sinh và dịch tễ học. Để giảm thiểu nguy cơ ngộ độc botulinum ở trẻ sơ sinh, khuyến cáo không nên cho trẻ dưới 1 tuổi ăn mật ong.